Perlaksanaan Sistem Pengurusan Kualiti (SPK) berasaskan MS ISO 9002:1994 di PKNP telah bermula sejak 12 Ogos 1997.

Fokus Utama Pengurusan Kualiti PKNP adalah berteraskan objektif kualiti PKNP iaitu untuk memenuhi kehendak pelanggan, Pihak Berkepentingan, Undang-undang dan peraturan serta Arahan Pihak Kerajaan .

SPK PKNP telah dinaik taraf kepada standard baru SPK berasaskan ISO 9001:2000 pada 7 Disember 2001 dan SPK berasaskan ISO 9001:2008 pada 2 November 2009 serta SPK berasaskan ISO 9001:2015 pada 9 Julai 2018. SPK PKNP telah diperluaskan skopnya mencakupi keseluruhan aktiviti organisasi termasuk fungsi pemantauan pelaburan dan perkhidmatan korporat.  

PKNP telah menjalani proses Pengauditan Pensijilan Semula Audit Kualiti MS ISO 9001:2015 pada 15 - 16 Disember 2022 dan berjaya mengekalkan pensijilan selama 26 tahun tanpa ketidakpatuhan (diperbaharui tanpa syarat).